import java.awt.Component;
import java.awt.event.ActionEvent;
import java.awt.event.ActionListener;

import javax.swing.JButton;
import javax.swing.JDialog;
import javax.swing.JFrame;
import javax.swing.JPanel;


public class DialogTest extends JFrame implements ActionListener {
    
    private JDialog d1;
    private JDialog d2;
    
    public DialogTest() {
        init();
    }

    private void init() {
        this.getContentPane().add(initPanel());
        this.setVisible(true);
        this.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
        this.setSize(300, 400);
    }

    private Component initPanel() {
        JPanel panel = new JPanel();
        JButton b = new JButton("Dialog1");
        b.addActionListener(this);
        panel.add(b);
        return panel;
    }
    
    public static void main(String[] args) {
        new DialogTest();
    }

    @Override
    public void actionPerformed(ActionEvent e) {
        if(e.getActionCommand().equals("Dialog1")) {
            JButton b = new JButton("Dialog2");
            b.addActionListener(this);
            d1 = new JDialog(this, "Im dialog one!", true);
            d1.add(b);
            d1.setSize(200, 100);
            d1.setVisible(true);
        } else if(e.getActionCommand().equals("Dialog2")) {
            d2 = new JDialog(d1, "Im dialog two!", true);
            d2.setSize(200, 50);
            d2.setVisible(true);
        }
    }
}

------解决方案--------------------
我的平台：window server2003 x86 JDK版本：java version "1.6.0_17"
没发现你说的情况咧。
打开模式对话框后，只能通过win + d 键隐藏窗体。任务栏上点击swing窗口图标后可以正常显示回原来的状态。

------解决方案--------------------
我觉得 我上面随手写的那个例子不存在这个问题
我读了你的代码，发现那两个dialog是与其它组件同级生成的，之后只是调用setVisible做显示。dialog始终是同一份拷贝。我认为从业务上来说，应该每次都生成新的dialog吧，用完就消毁。